... Vater Gendô Ikari (Fumihiko Tachiki) beordert, den er Jahre lang nicht gesehen hat. Bei seiner Ankunft in Neo Tokio-3 ist der Notstand in der Stadt ausgerufen und er gerät ins Kreuzfeuer zwischen den Militärs und dem "vierten Engel" - eine Kreatur unbekannter Herkunft. Er wird von der Offizierin Misato Katsuragi (Kotono Mitsuishi) geretten und ins Hauptquartier der UN-Organisation NERV gebracht, die von seinem Vater geleitet wird. Shinji ist auserwählt den Kampf gegen die "Engel" mit den dafür entwickelten biomechanischen Kampfmaschine, der Evangelion-Einheit 01, aufzunehmen. Die junge Pilotin Rei Ayanami (Megumi Hayashibara) ist zu sehr verletzt, um zu kämpfen. Zuerst weigert sich Shinji, willigt dann doch ein die "Engel" zubekämpfen...