... Jahren nach dem "Mädchen im Himmel". Die Legende über das geflügelte Menschenwesen wird in seiner Familie seit Generationen weitererzählt, damit eines Tages ein Nachkomme das tragische Schicksal jenes sagenhaften Mädchens zum Positiven verändert. Auf seiner Reise kommt Yukito in eine kleine Stadt am Strand, wo er das geheimnisvolle Mädchen Misuzu trifft, das unbedingt mit ihm Freundschaft schließen möchte. Weiter trifft er noch zwei Mädchen: die aufgedrehte Kano Kirishima, die glaubt später zaubern zu können, sowie die ruhige Minagi Tohno, die stets nur langsam und leise mit Verzögerung antwortet. Auf den ersten Blick scheinen es ganz normale Mädchen zu sein, doch wie Yukito feststellen muss ereigneten sich in der Vergangenheit der drei eine Menge tragische Ereignisse.
Ohne dies zu ahnen, ist ihr Schicksal miteinander verstrickt und die Wurzeln der Geschichte liegen viele 1000 Jahre zurück...