Die Schule von Tromaville wurde nach der Zerstörung im ersten Teil auf dem Grundstück eines Atomkraftwerks wieder aufgebaut. Alles könnte wieder so normal seinen gewohnten Gang gehen, würden nicht immer mehr Subhumanoiden auftauchen, die in aller Öffentlichkeit überhitzen und zusammenschmelzen. Des Rätsels Lösung ist das "Tromaville Institue of Technology", das unter der Schule diese menschenähnliche Geschöpfe für moderne Sklavenarbeit wie Fensterputzen züchtet.
"Class of Nuke'em High II" ist genauso schwachsinnig und bescheuert wie im nüchternen Zustand schlecht. Nach ein paar alkoholischen Getränken steigt der Spaß-Faktor allerdings rapide. Wirklich enttäuscht werden dann nur noch die sein, die "Gewalt-Exzesse" á la "Class of Nuke'em High 1" oder "The Toxic Avenger" erwarten.