... Kamina, der die Fähigkeit hat, den gottgleichen Mech RahXephon zu steuern. Die Geschichte beginnt im 21. Jahrhundert in Tokio, dessen Frieden durch die Angriffe futuristischer Flugzeuge gestört wird. Ayato wird bei den ersten Übergriffen von einer mysteriösen Frau gerettet, und menschengleiche Wesen schützen die Stadt.