Der Letzte Flug der Osiris: Die Crew der Osiris muss Zion, der letzten Zuflucht der Menschen, eine wichtige Botschaft übermitteln. Die Maschinen planen einen Großangriff auf Zion, den selben, den die Menschen in Matrix Reloaded und Revolutions abwehren. Die Maschinenwächter entdecken das Schiff und attackieren es. Im letzten Moment gelingt es einem Crewmitglied, eine Nachricht als Brief in der Matrix zu versenden. Die gesamte Crew kommt bei dem Angriff ums Leben.
The Second Renaissance Part I:
Die Geschichte erzählt vom Aufstand der Maschinen. Anfang des 21. Jahrhunderts schufen Menschen intelligente Roboter als Diener. Doch der humanoide B-166ER tötete seine Besitzer aus Angst vor Zerstörung. Die Menschen vernichteten alle B-166ERs, was zu Maschinenprotesten führte. Die Unterdrückung war brutal, Panzer überrollten friedliche Demonstranten, Tausende Maschinen wurden ins Meer geworfen. Vertrieben gründeten die Maschinen ihre eigene Nation, 01. Sie entwickelten sich rasant, dominierten die Wirtschaft und bedrohten die menschliche Macht. Die Menschen verhängten Sanktionen und verweigerten 01 die UN-Mitgliedschaft.
The Second Renaissance Part II:
2092, drei Jahre nach der UN-Verweigerung, starten Menschen einen Vernichtungskrieg gegen Maschinenstadt 01. Trotz Bombardements überleben die Maschinen und starten 2094 einen Gegenangriff. Ihre endlos nachwachsenden Armeen erobern Land um Land.
2095 verdunkeln Menschen den Himmel, um Maschinen von Solarstrom abzuschneiden. Doch der Krieg tobt weiter bis 2139. Maschinen entwickeln immer stärkere Waffen und besiegen schließlich die Menschheit.
2139 lassen Menschen 01 der UN beitreten, doch der Maschinenbotschafter zerstört New York mit einer Atombombe. Die siegreichen Maschinen versklaven die Menschheit als Energiequelle in der Matrix. Nur wenige Überlebende fliehen nach Zion, der letzten Untergrundstadt.
Kid’s Story:
Der junge Michael, genannt Kid, erlebt Träume intensiver als die Wirklichkeit. Neo, der Widerstandsführer, kontaktiert ihn online und warnt ihn vor Agenten. In der Schule flüchtet Kid aufs Dach und springt hinab, wie er es im Traum vorhergesehen hatte. Sein Grabstein zeigt seinen vollen Namen, Michael Karl Popper. In der Realität erwacht Kid, wo Neo und Trinity ihn versorgen. Kid glaubt fälschlicherweise, Neo habe ihn gerettet, was dieser verneint. Später in Matrix Reloaded verehrt Kid Neo naiv.
Program:
Die Rebellin Cis weigert sich während eines Trainings, mit ihrem Freund Duo in die Matrix zurückzukehren. Als er sie sogar angreift, bricht sie sein Schwert und tötet ihn in Notwehr. Erschüttert stellt sie fest, dass alles nur eine Simulation war, die ihre Fähigkeiten testen sollte.
World Record:
Sprinter Dan will seinen nicht anerkannten Weltrekord beweisen. Beim erneuten Versuch wird er so schnell, dass Agenten eingreifen. Während alle anderen einfrieren, kämpft er sich weiter, wobei er kurz die reale Welt wahrnimmt. Er erreicht die Ziellinie mit Rekordzeit, bricht aber zusammen. Die Maschinen lähmen ihn und löschen sein Gedächtnis. Trotzdem steht er noch einmal kurz auf, bevor er endgültig zusammenbricht.
Beyond:
Yoko sucht ihre Katze Yuki im "Spukhaus", wo die Matrix Fehler zeigt. Als sie eine Taube beobachtet, verschwinden plötzlich die Wände, was die Jungs überrascht. Während Yoko sich wohlfühlt, nähern sich Agenten. Sie hört ihr eigenes Telefonat wieder, während das Haus auf einem Monitor plötzlich als Parkplatz erscheint. Die Gruppe findet keine Erklärung für diese Anomalien.
A Detective Story:
Der Privatdetektiv Ash erhält 800.000 Dollar, um die Hackerin Trinity zu finden. Er stellt fest, dass drei andere Detektive bereits an diesem Fall scheiterten, einer beging Selbstmord, einer verschwand spurlos, der dritte verlor den Verstand. Bei seinem Besuch beim wahnsinnigen Kollegen entdeckt Ash rätselhafte Hinweise auf Alice im Wunderland. Über einen Chat kontaktiert ihn die mysteriöse Rote Königin und gibt ihm ein Treffen bekannt. Im Zug trifft Ash schließlich Trinity, die ihm einen Parasiten aus dem Auge entfernt. Plötzlich verwandeln sich Mitreisende in Agenten. Ash und Trinity fliehen, doch Ash beginnt selbst, sich in einen Agenten zu verwandeln. Trinity schießt ihm in die Brust, stoppt so die Verwandlung und kann entkommen. Ash bleibt im Zug zurück, von den Agenten gefunden. Trinity hatte gehofft, er wäre stark genug für die Wahrheit gewesen.
Matriculated:
Rebellen fangen eine Maschinendrohne und versuchen sie durch eine Simulation zu überzeugen, statt sie umzuprogrammieren. In der Matrix entwickelt die Drohne Selbstbewusstsein und fühlt sich mit der Rebellin Alexa verbunden, bis ein Angriff die Simulation unterbricht. Alexa aktiviert die nun befreite Drohne, erkennbar an ihren grünen Lichtern. Zunächst passiv, hilft sie Alexa im Kampf gegen andere Drohnen. Nach dem Sieg verbinden sich beide in der Rebellen-Matrix, doch Alexa verschwindet. In der Realität bleibt die Drohne mit rot leuchtenden Lichtern bei Alexas leblosem Körper zurück.