... doch eines bedrückt sie seit Jahren. Ihr Stiefbruder ist vor 13 Jahren an seinem 18. Geburtstag spurlos verschwunden. Als sie einen Strauß mit schwarzen Rosen erhält, welche immer eine besondere Rolle zwischen ihr und ihrem Bruder Muto spielten, will sie ihn unbedingt finden, und beauftragt Ryô Saeba sich der Sache anzunehmen.
Im Laufe der Suche stoßen die beiden schließlich auf Muto, der von der japanischen Polizei auch als "The Professor" bezeichnet wird. Er ist ein Ex-Soldat einer Fremdenlegion, der den Golfkreig überlebt hat, sich von der japanischen Regierung betrogen fühlt, und sie nun erpresst, indem er mithilfe seiner beiden Komplizen, einem Schwerverbrecher und einem Bombenexperten, droht ganz Shinjuku in die Luft gehen zu lassen, wenn ihm nicht eine gigantische Geldsumme gezahlt werde. Amy gerät dabei mitten ins Kreuzfeuer seiner Strategie, als sie sich auf dem Zug, indem die Hauptbombe installiert wurde befindet, und so wird für Ryô aus der ursprünglichen Suchaktion schließlich eine Hetzjagd durch die ganze Stadt; wenn der Zug den Bahnhof Shinjuku zum zweiten Male erreicht wird er samt der überall im Stadtvirtel deponierten Bomben explodieren.
Ryô bekommt Unterstützung von Umibozu, Saeko und Kaori um das Unglück zu verhindern, und dem Professor den Garaus zu machen.